Díky zabezpečenému přenosu dat a podpoře technologie 3D Secure zajišťuje GoPay maximální ochranu platícím zákazníkům i obchodníkům. Platební údaje jsou spravovány v souladu s nejvyšším bezpečnostním standardem karetních asociací PCI DSS Level 1. 

PCI DSS (Payment Card Industry Data Security Standard) je soubor mezinárodních bezpečnostních pravidel, jejichž cílem je zamezit únikům citlivých dat o držitelích platebních karet. Zprostředkovatelé plateb musí pracovat s citlivými platebními informacemi tak, aby zabránili jejich zneužití. Tato pravidla vznikla díky karetním asociacím jako VISA a Mastercard.

3D Secure funguje jako dodatečný způsob identifikace držitele karty. Bez zadání číselného kódu platba neproběhne. Nemusí to však platit vždy- v jistých případech, jako je například nízká částka, některé banky 3D Secure kód uživateli nemusí poslat a platbu lze realizovat bez nutnosti zadání 3D Secure kódu.